La vida de la prelatura s’insereix, com a part viva, dins de cada diòcesi. Per això, la prelatura està en constant relació amb la diòcesi i amb el seu bisbe respectiu. A més a més, és jurídicament necessària la intervenció del bisbe per començar el treball de la Prelatura a la diòcesi o bé per obrir centres de la Prelatura. El més important, no obstant això, són els contactes permanents que afavoreixen la plena sintonia amb la vida diocesana i amb els objectius pastorals del bisbe diocesà.

La prelatura de l'Opus Dei està en comunió amb totes les realitats eclesials presents a la diòcesi. Dins la legítima autonomia eclesial de cadascuna d’aquestes realitats, la vida de la diòcesi a què totes pertanyen ofereix habitualment múltiples ocasions de contacte i de col·laboració. 

Cal tenir present que l'Opus Dei no constitueix un grup a part dins la diòcesi i no és ni actua com una associació, per la qual cosa els seus membres poden participar lliurement en associacions de fidels de caràcter secular.